La tour de Babylone - Ted Chiang

Deuxième lecture de Ted Chiang, après le recueil Expiration, que j'ai trouvé globalement supérieur, grâce à deux nouvelles très bonnes, même si là je non plus je n'avais pas réussi à aller jusqu'au bout. Dans La tour de Babylone, rien de vraiment excellent. Ted Chiang est très bon pour trouver des idées, moins pour les transformer en narration convaincante.

La tour de Babylone (4/5)

L'histoire de la construction de la tour de Babylone et de son ascension par des mineurs recrutés pour creuser un tunnel dans... la voute céleste. Au diable la physique, nous sommes ici dans un modèle géocentriste invraisemblable, comme si les croyances antiques s'étaient révélées vraies. L'ascension de la tour est passionnante, on trépigne de découvrir cet univers impossible, les lois qui le régissent et ce qui se cache au bout du voyage. Dommage que la fin soit si décevante, c'est une pirouette familière et peu chargée de sens. C'est le même twist que La horde du contrevent par exemple. 

Comprends (3,5/5) 

Un thème classique de la SF : le développement de l'intelligence individuelle jusqu'à un niveau surhumain. Ce n'est pas mal, plaisant à suivre, on se demande jusqu'où va aller cette course en avant de l'intellect. Le final est une confrontation de deux de ces intellects surhumains. La tentative pour décrire des procédés mentaux inédits, sans être complètement convaincante, est plutôt réussie.

Division par zéro (2/5) 

Une mathématicienne découvre la preuve de l'incohérence de l'arithmétique et sa vie intime est bouleversée par cette destruction de sa vie intellectuelle. Le mélodrame interpersonnel n'est guère haletant et la construction non linéaire de la nouvelle, parsemée de paragraphes qui effleurent des questions mathématiques, ressemble à une tentative ratée de complexifier artificiellement une trame simple.

L'histoire de ta vie (2/5) 

La nouvelle adaptée au cinéma par Denis Villeneuve sous le titre Arrival (Premier Contact). Je n'ai pas plus aimé que le film, j'ai fini par lire en diagonale. Les aliens arrivent sur Terre, ils sont complètement passifs et ne prennent absolument aucune initiative pendant tout le récit. Il s'avère qu'ils ont un mode de conscience simultanée à l'inverse de la conscience séquentielle humaine. La narratrice s'approprie ce mode de conscience et, révélation, tous les passages très chiants sur sa vie de famille se situent en fait dans le futur. Connaissant sa vie dans sa totalité, de façon donc simultanée, elle "accepte" de s'engager dans sa vie déjà connue, le libre arbitre disparaissant en perspective simultanée. Le propos sur le rapport à la temporalité et au libre arbitre ne m'a semblé ni intéressant ni cohérent et les aliens sont totalement unidimensionnels et peu crédibles dans leur passivité. Comment des êtres aussi passifs ont-ils pu évoluer ? Comment se passe leur vie en perspective simultanée ? Greg Egan (encore lui) a exploré le même sujet avec bien plus de brio dans Lumière des évènements.

Soixante-douze lettres (3/5)

Une autre nouvelle qui imagine un monde fonctionnant selon des lois différentes s'inspirant des superstitions du passé, ça fait penser à Omphalos du même auteur, mais en moins bien. J'ai apprécié l'idée que le sperme serait constitué non pas de spermatozoïdes, mais d'homoncules complètement préformés. Les hommes fourniraient ainsi la forme et les femmes le principe vital. De plus, les homoncules eux-mêmes contiendraient préformés dans leur petits testicules les homoncules du futur, et ce jusqu'à l'infini. Ou pas, puisque justement il est découvert qu'il ne reste plus que quelques générations possédant des testicules plein d'homoncules. Ce point de départ est très fun, mais hélas la narration n'en fait pas grand-chose. Il est essentiellement question de la tradition kabbalistique et des mots de pouvoir qui forment la base de la technologie de ce monde : les objets peuvent être animés par... les mots ? C'est tout un domaine de recherche, mais ce n'est aucunement détaillé ou développé. Le récit est long, très plat narrativement, et  l'impression de tourner en rond est exacerbée par le flou concernant le fonctionnement de ce principe qui relève de la magie. Il n'y pas non plus de conclusion satisfaisante.

L'évolution de la science humaine (2/5)

Les humains sont dépassés par la science devenue incompréhensible des métahumains. J'apprécie l'idée mais elle n'est qu'à peine esquissée le temps de 4 pages.

L'enfer, quand Dieu n'est pas présent (2/5)

Choix de traduction étonnant pour le titre, sachant que la VO est Hell is the Absence of God (L'enfer est l'absence de Dieu, ou L'enfer, c'est l'absence de Dieu). Un point de départ prometteur et encore une fois proche d'Omphalos : Dieu existe, les anges existent, et quand ceux-ci descendent faire un tour sur Terre, ça fait boum, il y a des miracles et des guérisons, mais aussi plein de morts. La narration qui s'ensuit est en revanche particulièrement soporifique, j'ai lu en diagonale. Impossible de m'intéresser aux états d'esprit de ces quelques personnages fades qui cherchent leur place par rapport à Dieu.

Aimer ce que l'on voit : un documentaire (pas fini/5)

Une technologie facile à appliquer permet de désactiver la partie du cerveau qui perçoit la perception innée de la beauté, c'est-à-dire l'essentiel de ce qu'on considère la beauté, car celle-ci est un filtre biologique pour choisir un partenaire sexuel fertile et compatible. Bon point de départ, mais encore une fois ce qu'en fait Ted Chiang est soporifique. On comprend très rapidement l'idée, il reste ensuite 50 pages qui tournent en rond et racontent des banalités avec une écriture médiocre.

Ken Liu - La ménagerie de papier

Attention : ce recueil, contrairement à ce que je croyais, n'est pas le même que celui publié en VO sous le titre The Paper Menagerie. Les nouvelles contenues sont différentes. Peut-être l'original est-il meilleur, mais j'en doute, les problèmes me semblant intrinsèquement liés à l'écriture de Ken Liu. Je m'étonne du succès de ces nouvelles.

Renaissance (2,5/5)

Il y a tous les ingrédients nécessaires à un classique thriller SF, mais c'est trop elliptique et bordélique. Une invasion alien, un investigateur avec des souvenirs trifouillés, un twist attendu concernant son identité... Il y a déjà des tonnes de films ou romans qui manipulent ces mêmes éléments, en mieux.

Avant et après (1/5)

Le genre de texte qu'il vaut mieux éviter de placer dans un recueil, d'autant plus à son début, ça fait très mauvaise impression. C'est une seule phrase qui dure 3 pages, une scène d'arrivée d'aliens sur Terre, sans propos compréhensible. Comme d'habitude : enlever la ponctuation ne suffit pas à rendre un texte intéressant.

Les algorithmes de l'amour (2/5)

Je comprends la tentative, mais elle est ratée. Une programmeuse de poupées à IA finit par fabriquer une poupée qui passe le test de Turing, et ça la plonge en pleine crise existentielle, jusqu'au suicide : elle se met à songer que la conscience relève d'un processus mécanique, que le libre arbitre n'existe pas trop, etc. Je ne sais pas, j'aurais peut-être trouvé ça profond si j'avais lu la nouvelle quand j'avais 15 ans, mais les idées sont aussi simplistes que l'écriture. Greg Egan a exploré un thème semblable dans Le p'tit mignon.

Nova Verba, Mundus Novus (2,5/5)

Une autre micro nouvelle, qui fait 4 pages cette fois. C'est pas dingue, mais au moins je comprends le concept (explicité par le titre) et celui-ci arrache un sourire. Le traducteur a dû s'amuser.

Faits pour être ensemble (2/5)

Mais que c'est niais et primitif ! C'est fonctionnel, certes, mais impossible de prendre la trame sérieusement tant c'est narrativement grossier. Notre narrateur vit tranquillement dans le cocon douillet que lui propose son assistante IA qui sait tout de lui. Sa voisine débarque :
— Tu vis dans le mensonge, en fait la société qui gère cette IA omnisciente, ce sont des grands méchants !
— Vraiment ? Oh, non !
— Si si ! Mais t'inquiète, je suis une super hackeuse et ensemble on va renverser cette vilaine société qui contrôle secrètement le monde !
— Ok, cool !
— Salut, je suis le grand patron de cette société, en fait on est un mal nécessaire, vous voulez nous rejoindre ?
— Ok d'accord...

Trajectoire (2,5/5)

Encore une fois, fonctionnel, mais je n'ai pu m'empêcher de lire en diagonale tant l'écriture est plate, la narration artificielle et les idées convenues. Thème : la course après l'immortalité. Morale : finalement, c'est peut-être la mort qui donne sa valeur à la vie.

Je vais m'arrêter là, à moins de la moitié du recueil.

Retour d'expérience sur la greffe anglaise au galop, en vidéo

Hop, dans cette petite vidéo je partage mon expérience avec la greffe anglaise au galop. Je la recommande surtout pour les pommiers, mais elle peut fonctionner avec d'autres espèces.

Lien direct vers la vidéo sur youtube.

Invisible Planets - 13 nouvelles de SF chinoise sélectionnées et traduites par Ken Liu

L'introduction de Ken Liu est brève et pertinente. Elle rappelle que l'occidental moyen a une forte tendance à surinterpréter la SF chinoise comme étant nécessairement subversive, ou critique d'un gouvernement non démocratique, etc. Selon Ken Liu, il faut faire attention à ne pas tomber dans ce piège. J'aurais aimé qu'il développe. Il se trouve d'ailleurs que les deux meilleures nouvelles de ce recueil (à part celles de Liu Cixin) sont des dystopies. Quant à celles de Liu Cixin, elles sont excellentes, mais pas originales en anglais, ce qui est décevant.

        CHEN QUIFAN

The year of the rat (4/5) Une nouvelle extrêmement efficace et plaisante sur le plan narratif, mais je ne suis pas certain d'avoir bien saisi le propos. Des étudiants suréduqués mais incapables de trouver un emploi dans une Chine qui ne sait que faire d'eux se portent volontaires pour rejoindre la Rodent-Control Force, la force de contrôle des rongeurs, milice qui chasse et massacre les néorats, de bizarres et artificiels rats géants un peu trop envahissants. On suit sans se forcer ces jeunes gens plonger dans l'horreur, mélange condensé d'Apocalypse Now et Battle Royal : le danger est souvent plus humain que rongeur. Les néorats semblent développer une culture, utiliser des armes chimiques, mais finalement au diable ces étrangetés, toute cette histoire de néorats s'avère n'avoir été qu'un vaste jeu de realpolitik. La fin ne parvient pas à rendre tangibles les enjeux effleurés.

The fish of Qiufan (3,5/5) Un employé de bureau en burnout est envoyé prendre des vacances forcées à Qiufan, une ville au riche héritage mais récemment privatisée et complètement artificialisée. Au fil de son séjour, il réalise cette artificialité : tout ce qui l’entoure n'est qu'esbroufe, mensonges et manipulations au service des mégacorporations qui cherchent à optimiser à l'extrême la productivité de leurs employés. Cette optimisation va jusqu'à expérimenter sur leur perception du temps. Cet élément de manipulation temporelle est amené assez artificiellement, mais j'apprécie les thèmes explorés et la narration est encore une fois plaisante.

The flower of Shazui (2,5/5) Toujours très proprement écrit, et pas sans bonnes idées. On est à Shenzhen, et c'est l'occasion d'un peu d'histoire bienvenue sur la zone économique spéciale qui a forgé le destin de la ville, avec en prime une touche d'espionnage industriel. Dommage que, bizarrement, au lieu de se concentrer sur ces éléments fertiles, la nouvelle traite essentiellement de sujets glauques (pauvreté, prostitution, viol, violence) sans offrit la moindre résolution narrativement satisfaisante. C'est donc vainement glauque.

        XIA JIA

A hundred ghosts parade tonight (3/5) Dans une zone touristique aujourd'hui désaffectée et oubliée, des fantômes artificiels trainent leur pénible et vaine existence. Le narrateur est un enfant recueilli par les fantômes, à moins qu'il ne soit lui même artificiel. Le ton se veut lent, intime, touchant, mélancolique, et je suppose que c'est plutôt réussi, mais ça ne me touche pas vraiment.

Tongtong's summer (2,5/5) L'été d'une enfant qui voit son vieux grand-père en fin de vie revenir à la maison. Divers progrès techniques vont l'aider et lui offrir l'opportunité de potentiellement changer le quotidien de tous les vieux : un robot qui peut servir à s'incarner à distance, pour le lien social, le soin, etc. L'idée est assez bien traitée mais guère originale. Le focus de la nouvelle n'est pas tant sur cet aspect légèrement SF que sur l'humain, la perte du grand-père, la mort d'un proche. Pareil, pas forcément mauvais, mais moins unique que la précédente et ça ne me touche guère.

Night journey of the dragon-horse (1/5) Dans un vague futur post-apo, le dragon mécanique de Nantes (oui, celui des Machines de l'Ile) erre vainement et papote avec une chauve-souris. Il ne se passe strictement rien et je ne comprends pas l'inclusion de ce texte soporifique.

        MA BOYONG

The city of silence (5/5) De loin la meilleure nouvelle jusqu'à présent. C'est une dystopie classique, presque formulique (comme souvent avec ce genre littéraire), mais bien menée et riche thématiquement. Marchant dans les pas de 1984 en particulier, il y est question de la destruction progressive et finalement totale du langage. Si Orwell avait eu connaissance d'internet, comment aurait-il modifié sa fiction en conséquence ? Ici, l'auteur imagine le web soumis à la même vision totalitaire que celle développée dans 1984. Comme il est beaucoup plus facile de contrôler le langage via des serveurs centralisés et des algorithmes que dans la vie physique, les « autorités appropriées » poussent les citoyens à transférer tout ce qui fait la vie du physique à l'internet. De plus, les progrès techniques permettent petit à petit de contrôler la parole dans le réel aussi, avec l'aide des algorithmes. Dans la course à l'armement entre la censure et les jeux de langage pour la contourner, la censure gagne par toujours plus d'écrasement. Narrativement, quand notre protagoniste trouve une parenthèse libertaire à travers un « club de parole », il va de soi que celui-ci sera victime du talon de fer. La finalité est le silence, et bien sûr en conséquence le silence de l'esprit, car la principale leçon de 1984 est que la parole, le vocabulaire, la syntaxe, créent la pensée.

Dans la petite intro à cette nouvelle, Ken Liu mentionne que dans le texte original, le récit se passait à New York (entre autres auto-censures) pour contourner la censure chinoise. Puis, littéralement trois lignes plus tard, il dit qu'il ne faut pas prendre ce texte pour une « satire » (pourquoi satire ?) du gouvernement chinois. Soit, mais j'aurais aimé qu'il développe cette question.

        HAO JINGFANG

Invisible planets (3/5)  Je suis partagé. Ce n'est pas une nouvelle, il s'agit en fait de plusieurs micro-fictions rassemblées par leur thème : la brève description de planètes, mais surtout de la culture et de la biologie de leurs habitants. Cette succession est frustrante, on passe si rapidement d'une planète à l'autre qu'il est difficile de s'intéresser à chacune. De plus, la méta-narration qui tente de relier les micro-fictions entre elles est clairement artificielle et superflue. Ceci dit, pris chacun à part, ces textes sont très bons, inventifs et frappants. Mention spéciale à la planète larmarkienne, où chaque individu voit son corps changer en fonction de ses actes répétés, mise en opposition avec une planète darwinienne, mais pas un darwinisme familier.

Folding Beijing (5/5) Tout comme The city of silence, il s'agit d'une dystopie parfaitement classique mais fort bien exécutée. Cette fois, il n'est pas tant question d'extrême oppression que d'inégalités sociales : majorité maintenue dans la misère pendant qu'une minorité d'élites vit fort bien. Comme souvent, cette inégalité est mise en avant à travers une organisation sociale hyperbolique, mais ici plus surréaliste que science-fictive : Beijing est comme installé sur une plaque rotatoire qui se retourne à intervalles réguliers, avec immeubles qui se plient et se déplient, de façon à ce que les trois zones de la ville (deux sur un coté, les élites ayant l'autre côté en entier) se partagent le temps, une partie de la population étant maintenue en sommeil artificiel quand c'est leur tout d'être repliés. C'est complètement invraisemblable mais très marrant, et notre protagoniste, bien sûr, doit se frayer un chemin de la troisième zone vers la seconde puis vers la première. Cette organisation est justifiée par la nécessité économique de maintenir de l'emploi face à une automatisation grandissante, la zone 3 (la plus peuplée) faisant essentiellement du tri des déchets, tri qui pourrait être automatisé si la volonté politique était là. Le fond classique est donc recyclé avec efficacité, et c'est avec plaisir qu'on suit le narrateur à la découverte de ce Beijing pliable.

        TANG FEI

Call girl (1/5) Une fille de 15 ans propose ses services à des vieux riches. Pas des services sexuels, non : elle leur offre des... hallucinations bizarres ? des fantômes de chiens ? Incompréhensible.

        CHENG JINGBO

Grave of the fireflies (pas fini/5) J'ai eu peur quand j'ai lu l'intro de Ken Liu : les histoires de l'autrice « feature multilayered, dreamlike images connected by the logic of metaphor, dense syntax, and evocative, allusive expressions. » Je traduis ça par : charabia volontairement obscur pour donner une vaine illusion de poésie et de profondeur.

        LIU CIXIN

The circle (5/5 avec félicitations du jury, mais...) ...c'est la réécriture d'un chapitre du Problème à Trois Corps. Dans la Chine médiévale, un savant de génie utilise l'ambition démesurée d'un roi pour obtenir trois millions de soldats et fabriquer une machine à calculer avec des humains comme transistors. Mélange de concept captivant rendu aisé à visualiser et de narration efficace qui transcende le concept en l'entremêlant avec les tragédies humaines de l'ambition, la démesure, la trahison, la cruauté, la sincère quête du savoir... Excellent, mais ça fait que les deux textes de Liu Cixin du recueil ne sont pas originaux en anglais. Je comprends la démarche éditoriale (Liu Cixin fait vendre —  à juste titre), mais c'est c'est moyennement honnête.

Taking care of God (5/5 avec félicitations du jury) Nouvelle déjà lue dans le recueil The wandering Earth. Je crois que je l'ai encore plus appréciée cette fois, notamment parce que j'ai pu percevoir le lien avec la théorie de la Forêt Sombre développée dans la trilogie du Problème à Trois Corps. Elle n'est pas explicitée ici mais les révélations finales prennent d'autant plus d'ampleur quand on l'a en tête. Encore une fois, Liu Cixin parvient brillamment à marier gigantesques concepts et perspective empathique.

Biologie de Campbell #19 - Les virus

Note : Les virus se situeraient à l'extrême frontière du vivant. Cependant, il me semble qu'ils incarnent, en un sens, l'essence même du vivant ; ils en sont les représentants les plus épurés. Ce sont de simples machines constituées d'ADN (ou d'ARN) et d'une coque protectrice — comme nous, humains. Leur "but" est la reproduction de ce matériel génétique — comme nous, humains. Ils existent uniquement car cette capacité à la reproduction du matériel génétique se maintient par mutation aléatoire de ce même matériel génétique — comme nous, humains. La réplication fidèle avec modification aléatoire occasionnelle ; rien d'autre. Un mouvement mécanique qui persiste par sélection naturelle des mouvements capables de se reproduire. Toutes les formes de vie plus élaborées obéissent à la même loi.

Les virus ont une structure beaucoup plus rudimentaire que les cellules eucaryotes ou procaryotes. Ils se réduisent généralement à un minuscule paquet constitué de quelques gènes emballés dans une coque de protéines. Ils sont incapables de se reproduire et d'effectuer des activités métaboliques hors d'une cellule hôte. 

Pour ces raisons, les virus se situent à la frontière de ce qu'on appelle vie.

Le génome des virus contient entre 3 et quelques centaines de gènes, rarement plus d'un millier, ce qui est significativement moins que les bactéries. Il existe des virus à ADN et à ARN. La coque de protéines qui entoure ce génome viral porte le nom de capside. Celle-ci peut avoir plusieurs structures type :

• Une simple forme de tube, comme pour le virus de la mosaïque du tabac.
• Une structure icosaédrique (comme un dé à 20 faces) avec une pointe protéique à chaque sommet.
• Une enveloppe membraneuse hérissée de pointes glyco-protéiques, comme le virus de la grippe (virus à ARN).
• Les bactériophages, ou phages, sont plus complexes. Ce sont eux qui ont des "pattes" (appareil caudal) attachées à un tube surmonté d'une tête icosaédrique qui contient l'ADN.

LES VIRUS NE PEUVENT SE RÉPLIQUER QUE DANS DES CELLULES HÔTES

Les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires : ils ne peuvent se multiplier que dans une cellule hôte.

Chaque virus à un spectre d'hôtes spécifique. Ils reconnaissent leurs cellules hôtes au moyen d'un mécanique "clé et serrure" entre les protéines virales présentes à leur surface et les molécules réceptrices correspondantes situées sur la face externe d'une molécule compatible.

1. Le virus pénètre dans la cellule / fait pénétrer son ADN dans la cellule
2. Les enzymes de l'hôte effectuent la réplication du génome viral
3. Parallèlement, les enzymes de l'hôte effectuent la transcription du génome viral en ARNm viral que les ribosomes de l'hôte utilisent pour synthétiser de nouvelles protéines virales
4. Les génomes viraux et les protéines de la capside s'assemblent pour former de nouvelles particules virales qui quittent la cellule

Lorsque les nouveaux virus sortent de la cellule hôte, celle-ci est souvent tuée ou du moins endommagée, c'est la cause d'une partie des symptômes.

Ce cycle, évidemment, a de très nombreuses complexités et variantes, qui sont décrites dans les pages suivantes.

Par exemple, chez les phages (qui infectent les bactéries), il existe :

• Le cycle lytique, processus de réplication virale qui aboutit à la mort de la cellule hôte

1. Attachement. Le phage adhère à des protéines de surface spécifiques de la bactérie hôte.
2. Le phage injecte son ADN dans la bactérie et devient donc une coquille vide.
3. Synthèse des génomes et des protéines du virus, sous la direction de l'ADN du phage et en utilisant les enzymes de la cellule bactérienne. 
4. Autoassemblage. Tête, queue et fibres caudales forment de nouveaux phages.
5. Libération. Boum ! Le phage commande la production d'une enzyme qui digère la paroi de la bactérie qui éclate en libérant des dizaines ou centaines de particules phagiques.

• Le cycle lysogénique, qui permet aux phages de se "cacher" dans les cellules et de répliquer le génome viral au fil des divisions cellulaires de la cellule-hôte

Certains virus combinent les deux cycles, passant de l'un à l'autre selon les circonstances.

Certaines bactéries (botulisme, scarlatine...) sont nocives pour les humains surtout parce qu'elles sont infectées par des gènes de phages qui déclenchent chez la bactérie la production de toxines.

En conséquence de tout ça, la sélection naturelle favorise les bactéries qui ont des protéines de surface sur lesquelles aucun phage ne peut se fixer. De plus, une fois qu'il a pénétré la bactérie, l'ADN du phage peut déclencher un mécanisme de défense et être attaqué par des enzymes de restriction. A l'inverse, la sélection naturelle favorise les phages porteurs de mutations qui leur permettent d'outrepasser ces décences. C'est l'inévitable course à l'armement.

Les virus des animaux peuvent avoir un génome ou une enveloppe à base d'ARN.

Certains des virus parasites d'animaux ont une enveloppe virale (une membrane externe recouvrant la capside) qui leur sert à pénétrer dans la cellule hôte. Par exemple, le cycle d'un virus enveloppé à ARN :

1. Les glicoprotéines (spicules) de l'enveloppe virale se lient aux molécules réceptrices à la surface de la cellule hôte, ce qui favorise la fixation du virus.
2. La capside et son contenu pénètrent dans la cellule. La digestion de la capside par les enzymes cellulaires libère le génome viral dans le cytoplasme.
3. Le génome viral sert de matrice pour la synthèse de brins d'ARN complémentaires.
4. De nouvelles copies de l'ARN du génome viral sont fabriquées à l'aide de brins d'ARN complémentaires.
5. Les brins d'ARN complémentaires servent également d'ARNm qui est traduit en protéines de la capside et en glycoprotéine de l'enveloppe virale.
6. Les vésicules transportent les glycoprotéines vers la membrane plasmique de la cellule.
7. Les capsides s'assemblent autour de chacune des molécules d'ARN constituant le génome viral. 
8. Chaque nouveau virus sort de la cellule par bourgeonnement ; son enveloppe est formée en partie d'une portion de membrane directement empruntée à la cellule hôte.

En gros, et même quand ces détails varient selon le type de virus, ça reste la même chose : le virus pirate les usines de la cellule hôte pour que celle-ci fabrique et réplique son ADN ou ARN et les protéines constituant son enveloppe.

Dans le cas des rétrovirus, comme VIH (virus de l'immunodéficience humaine) qui cause le sida (syndrome d'immunodéficience acquise), une étape vient s'ajouter : l'ADN synthétisé à partir du génome de l'ARN viral est inséré sous forme de provirus dans l'ADN chromosomique de la cellule hôte.

LES VIRUS ET LES PRIONS SONT DES AGENTS PATHOGÈNES DES ANIMAUX, DES VÉGÉTAUX ET D'AUTRES ORGANISMES

Les dégâts causés par un virus dépendent souvent de la capacité des tissus touchés à se régénérer par division cellulaire. Par exemple, dans le cas d'un rhume, les tissus des voies respiratoires se régénèrent aisément. En revanche, si un virus attaque des cellules nerveuses, celles-ci ne se divisent pas et ne peuvent donc pas se régénérer. De plus, de nombreux symptômes (fièvre, douleur) sont les conséquences des réactions défensives de l'organisme plutôt que du virus lui-même.

On qualifie de nouveaux virus ceux qui semblent faire leur apparition soudainement, comme le VIH dans les années 1980. La principale cause de ces apparitions est la mutation de virus existants. Les virus à ARN ont un taux de mutation particulièrement élevé, comme dans le cas des grippes saisonnières. Il peut aussi s'agir d'une "mondialisation" de virus auparavant isolés. Il est aussi possible que les virus soient transférés depuis d'autres espèces animales. 

Plus de 2000 types de maladies virales connues s'attaquent aux végétaux. La majorité de ces virus possèdent un génome d'ARN. Il existe deux types de transmission des virus pour les plantes :

• La transmission horizontale : infection par une source extérieure. Le virus doit traverser l'épiderme de la plante, ce qui est favorisé quand l'épiderme est fragilisé par les éléments, une mauvaise santé de la plante ou des animaux herbivore. Les insectes, comme les pucerons, agissent comme des vecteurs de transmission.
• La transmission verticale : transmission du virus d'une plante à sa descendance.

Les prions ne sont pas des virus, ce sont des protéines infectieuses qui semblent causer des maladies dégénératives du cerveau chez diverses espèces animales, dont la "maladie de la vache folle". Les prions posent deux problèmes majeurs :

• Ils mettent des années avant d'avoir de l'effet sur l'organisme, ce qui rend très difficile le contrôle des sources d'infection.
• Ils sont presque indestructibles et aucun remède n'est connu.

Un prion serait une protéine normale de cerveau mal configurée qui a la capacité de transformer les protéines saines similaires en prions. Des chaines de prions s'agrègent, comme en réaction en chaine, et interfèrent avec les fonctions cellulaires normales.

En terre étrangère - Robert Heinlein

Ayant beaucoup apprécié The Moon is a Harsh Mistress (Révolte sur la Lune) de Robert Heinlein, j'étais curieux de me lancer dans Stranger in a Strange Land (En terre étrangère), publié 5 ans plus tôt, en 1961. J'espérais y trouver ma dose d'idéologie-fiction. Hélas, sans qualifier le roman de mauvais, je n'ai pas pu en lire plus d'un tiers avant de décrocher.

La version publiée en 1961 avait été expurgée sous l'influence des éditeurs, et je crois que la version publiée ici est apparue plus tard : c'est une version complète, celle qui semble dominer éditorialement ces temps-ci. Je suis persuadée qu'il vaut mieux lire la version abrégée, parce que franchement, que c'est long et chiant. Les personnages papotent à l'infini, vainement ; ils tournent en rond, sans dire grand-chose qui fasse avancer la narration, sans apporter d'idées nouvelles.

Mike, humain ayant été élevé sur Mars par des martiens aussi différents des humains qu'il est possible de l'être, offre à priori une perspective de table rase totale sur la culture humaine et les comportements humains. Dans les faits, c'est très étonnant : je m'attendais à ce que sa perspective soit beaucoup plus mise en avant. Or, ce sont les autres personnages qui prennent le dessus et Mike, du moins dans le premier tiers du roman, n'a finalement strictement rien d'intéressant à apporter. Il n'émet aucune opinion sur le monde humain qu'il découvre. D'ailleurs, depuis qu'il est arrivé sur Terre, et pendant quasiment 300 pages, Mike se semble rien apprendre de la culture humaine. Et c'est sans compter le voyage depuis Mars, où Mike a passé beaucoup de temps (combien de temps ? ce c'est pas clair) avec des humains. Encore plus bizarre, les humains bienveillants qui le chaperonnent n'ont même pas l'idée de lui dire des choses comme "non non, le cannibalisme ça ne se fait pas trop par ici" et au contraire font du "oui oui c'est bien Mike, on mangera untel ensemble".

En somme, les prémices du roman ne semblent aucunement tenues ou explorées pendant les presque 300 pages lues (ou survolées), et si je ne doute pas que ça se développera par la suite, le rythme est si agonisant que ma bonne volonté s'est évanouie. Dommage : je ne suis pas en mesure de commenter tout le bizarre discours sur une certaine libération sexuelle qui se cache plus loin.

Biologie de Campbell #18 - La régulation de l'expression génétique

LES BACTÉRIES PEUVENT S'ADAPTER AUX FLUCTUATIONS DE LEUR MILIEU EN RÉGULANT LA TRANSCRIPTION

Afin d'économiser les ressources, l'évolution a favorisé les bactéries qui n'expriment que les gènes dont les produits lui sont utiles.

Par exemple, si le milieu contient assez d'une molécule nécessaire à une bactérie, celle-ci pourra arrêter de produire les enzymes qui l'aident à produire cette molécule elle-même ; cette inhibition a lieu au niveau de la transcription, la synthèse de l'ARNm codant pour ces enzymes.

Les fluctuations de l'état métabolique de la cellule activent et désactivent de nombreux gènes du génome bactérien. Ces processus sont détaillés sur plusieurs pages. 

CHEZ LES EUCARYOTES, LA RÉGULATION DE L'EXPRESSION GÉNÉTIQUE S'EXERCE A DE NOMBREUX STADES

Tout comme les organismes unicellulaires, les cellules des organismes multicellulaires doivent continuellement activer et désactiver des gènes en réponse à des stimulus provenant des milieux internes et externes. 

La régulation de l'expression génétique est également essentielle pour la spécialisation des cellules d'un organisme multicellulaire, composé de différents types de cellules. Chaque cellule doit assurer le maintient d'un programme spécifique de son expression génétique dans lequel certains gènes sont exprimés et d'autres ne le sont pas.

Une cellule humaine moyenne n'exprime probablement que 20% environ de ses gènes à la fois, et cette proportion est encore plus faible pour les cellules hautement spécialisées, comme les cellules musculaires ou les cellules nerveuses. Les différences entre les types de cellules ne sont pas dues à la présence de différents gènes, mais plutôt à l'expression génétique différentielle, qui permet à des cellules dont le génome est identique d'exprimer des gènes différents. Il y a bien 8 pages qui détaillent les différents aspects de cette régulation.

Mentionnons que dans le cas de la transcription spécifique aux types de cellules, des amplificateurs et activateurs entrent en jeu. Les amplificateurs sont des parties de l'ADN qui permettent "d'activer" ou non certains gènes : ils exigent la présence d'une combinaison d'activateurs, des éléments présents ensemble seulement dans les cellules pertinentes pour l'activation du gène. Il existe aussi des répresseurs au rôle inverse.

Mentionnons aussi l'épissage différentiel de l'ARN : le transcrit primaire d'un gène peut être épissé de façons différentes, c'est-à-dire qu'un même gène pourra être transcrit sous différentes forme d'ARNm, qui incluent ou non différents exons, et ces différentes formes d'ADN sont traduites en protéines différentes mais apparentées. Ce processus permet d'expliquer en la vaste diversité des protéines humaines synthétisables à partir d'un génome à priori limité.

LE RÔLE IMPORTANT DES ARN NON TRADUITS

Le séquençage du génome a révélé que l'ADN transcrit pour les protéines représente seulement 1,5% du génome humain. Une toute petite partie du génome transcrit aussi pour les ARN. On a longtemps supposé que la majeur partie de l'ADN n'était pas transcrit (je me souviens avoir lu chez Richard Dawkins cette supposition frappante que la majeure partie de l'ADN n'existerait que par sa capacité à se reproduire d'une façon quasi parasitique).

Évidemment, plus on en apprend, plus ça se complexifie. Il semblerait actuellement que 75% du génome humain est transcrit à un moment ou un autre, dans chaque cellule. Une partie importante du génome peut être traduit en ARN non codant, ARNnc, aux rôles variés. L'ARNm est donc loin d'être la seule ouvrière.

Sans rentrer dans les détails, ces très nombreuses micro ARN (miARN) et petits ARN interférents (pARNi) jouent un rôle complexe et capital dans la régulation l'expression génétique.

LES DIFFÉRENTS TYPES DE CELLULES D'UN ORGANISME MULTICELLULAIRE RÉSULTENT D'UN PROGRAMME D'EXPRESSION DIFFÉRENTIELLE 

Au cours du développement embryonnaire, il a la division cellulaire, mais celle-ci doit être régulée pour ne pas produire une masse indifférenciée de cellules. Les cellules subissent en se développant la différenciation cellulaire, processus qui permet leur spécialisation. La morphogenèse est l'ensemble des processus physiologiques déterminant la forme de l'organisme et de ses structures.

Sans rentrer dans les détails, je note deux processus principaux :

• Les déterminants cytoplasmiques de l'ovule. Dans le cytoplasme de l'ovule se trouvent des molécules codées par les gènes maternels. Ces molécules sont inégalement réparties et déterminent l'expression génétique des cellules de l'embryon au fil de la division cellulaire par simple "influence locale".
• L'induction par les cellules voisines. En gros, chaque cellule influence l'expression génétique de ses voisines.

Ces processus (et d'autres) mènent à l'accomplissement d'un plan d'organisation corporelle. Il s'agit tout d'abord de déterminer les 3 axes principaux de l'organisme, avant de commencer à "placer" les membres et organes. C'est, encore une fois, l'étude de la drosophile qui a permis de comprendre ces phénomènes.

LE CANCER EST LA CONSÉQUENCE DE MODIFICATIONS GÉNÉTIQUES QUI ALTÈRENT LA RÉGULATION DU CYCLE CELLULAIRE

Les mutations qui altèrent les gènes associés aux facteurs de la croissance peuvent mener au cancer. On appelle oncogènes les gènes cancérogènes ; à l'inverse, les gènes normaux, qui codent pour pour des protéines stimulant une croissance normale et régulée, sont appelés protooncogènes.

Un protoongène peut se transformer en oncogène de 3 façons différentes :

• Translocation ou transposition : le gène est déplacé vers un nouveau locus (position fixe d'un gène sur un chromosome) et donc soumis à un nouveau promoteur (segment d'ADN qui contrôle l'expression du gène) qui peut mener à l'excès de la protéine qui si bien régulée cause une croissance normale.
• Amplification génétique : des copies multiples du gène augmentent la quantité de protéines.
• Mutation ponctuelle d'un élément de contrôle ou du gène lui-même si, de même, plus de protéines sont créées en conséquence ou des protéines hyperactives ou résistantes à la dégradation.

Il existe aussi des gènes suppresseurs de tumeurs, qui codent pour des protéines qui servent à empêcher la croissance cellulaire anarchique. La protéine p53 est fameuse : c'est elle qui répare l'ADN endommagé, ou du moins qui facilite la transcription du gène codant pour une protéine qui inhibe le cycle cellulaire pour que l'ADN endommagé ne se réplique pas. Ensuite, soit l'ADN est réparé, soit la cellule est détruite. Certaines mutations qui troublent ce système peuvent mener au cancer.

Les cancers ont tendance à se développer par accumulation de facteurs, ce qui expliquerait pourquoi l'incidence des cancers augmente avec l'age. Sont détaillés à ce propos les cancers du côlon et du sein. A noter que les virus, dans ces cas spécifiques, peuvent être causes de cancer ; en effet, ils interfèrent avec la régulation génique car ils peuvent insérer leur matériel génique dans l'ADN d'une cellule.